São conjuntos documentais oriundos de um órgão ou de uma pessoa que os produziu e/ou acumulou durante sua existência. O Centro de Memória possui, em seu acervo, documentos referentes aos seguintes fundos:
Geraldo Horácio de Paula Souza;
Francisco Borges Vieira;
Rubens Azzi Leal;
Judith Corrêa de Carvalho;
Maria Novaes Filha;
Francisco Antônio Cardoso;
Rodolfo dos Santos Mascarenhas;
Vicente Sampaio de Lara;
Ruy Laurenti;
José Santos;
Maria Antonieta de Castro;
Nelly Candeias;
Armando Piovesan;
Aristides Almeida Rocha;
José Maria Barata;
Maria Cecília F. Pelicioni;
Oswaldo Forattini;
Educadoras Sanitárias e Curso de Especialização em Saúde Pública;
José Barata;
Fundação Rockfeller;
Lucas Assumpção;
John Lane;
Arnaldo Augusto Siqueira;
Memória Institucional da Faculdade de Saúde Pública;
Hospital Psiquiátrico Juquery;
José Santos;
Rafael Paula Souza;
João Alves Meira;
Curso de Administração Hospitalar (1946-1947);
Curso de Nutrição;
Eris Focessi Lencastre
Maria Cecília F. Pelicione;
NACE-NUPESE (Núcleo de Promoção e Educação em Saúde Escolar);